El obispo de la diócesis, Manuel Barrios, acudió al músico Hilarión Eslava, organista, compositor y, a la sazón, director de la Capilla Real de Madrid, quien aconsejó encargarle el proyecto de un nuevo órgano a J. Merklin, afamado organero y pionero de las nuevas corrientes en la manufactura de estos instrumentos de grandes proporciones y de múltiples posibilidades que les asemejaba a las orquestas modernas, y llegaba a hacerles sombra.
Se inauguró en julio de 1857 y fue un acontecimiento de trascendencia nacional e internacional.
Consta de una mecánica complejísima que le permite hacer sonar con precisión y claridad cerca de 4000 tubos distribuidos en cuatro plantas, y desde una consola que dispone de 63 juegos, de cuatro teclados de 56 notas y un pedalero de 30.